Index

A

asgn_pattern_match() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions static method)

assign_species() (in module nuskell.framework)

C

ColorFormatter (class in nuskell.framework) combine_reversible_rxns() (in module nuskell.crnutils) complement() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions static method)

ComplexFragment (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter) create_binding() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellEnvironment method) CRNerror

D

DSDenumerationError

E

enumerate_modules() (in module nuskell.dsdenumerator)

enumerate_solution() (in module nuskell.dsdenumerator) eval_builtin_functions() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions method)

F

flatten_cplx (nuskell.dsdcompiler.interpreter.ComplexFragment property)

flip() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions static method) format() (nuskell.framework.ColorFormatter method)

G

genCRN() (in module nuskell.crnutils) get_domains() (in module nuskell.ioutils) get_nuskell_args() (in module nuskell.framework)

get_peppercorn_args() (in module nuskell.dsdenumerator) (in module nuskell.framework) get_strands() (in module nuskell.ioutils)

I

infty() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions static method) interpret() (in module nuskell.crnutils) (in module nuskell.dsdcompiler.compiler) (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellEnvironment method)

interpret_expr() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellExpressions method) interpret_species() (in module nuskell.dsdenumerator) InvalidSchemeError irrev_reactions() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions static method)

L

load_pil() (in module nuskell.ioutils)

long() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions method)

M

main() (in module nuskell.framework) module nuskell.crnutils nuskell.crnverifier nuskell.dsdcompiler.compiler nuskell.dsdcompiler.interpreter nuskell.dsdcompiler.objects nuskell.dsdenumerator nuskell.framework nuskell.ioutils nuskell.objects

N

name (nuskell.dsdcompiler.objects.NuskellComplex property) (nuskell.objects.NuskellReaction property) NusFunction (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter) nuskell.crnutils module nuskell.crnverifier module nuskell.dsdcompiler.compiler module nuskell.dsdcompiler.interpreter module nuskell.dsdcompiler.objects module nuskell.dsdenumerator module nuskell.framework module

nuskell.ioutils module nuskell.objects module NuskellComplex (class in nuskell.dsdcompiler.objects) NuskellDomain (class in nuskell.dsdcompiler.objects) NuskellEnvError NuskellEnvironment (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter) NuskellExit NuskellExpressions (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter) NuskellFunctions (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter) NuskellInterpreterError NuskellMacrostate (class in nuskell.objects) NuskellObjectError NuskellReaction (class in nuskell.objects)

R

Reaction (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter)

ref_binding() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellEnvironment method) remove_id_tags() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions static method)

S

short() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions method)

Species (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter) split_reversible_rxns() (in module nuskell.crnutils)

T

tail() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions static method) TimeoutError translate() (in module nuskell.dsdcompiler.compiler)

translate_formal_species() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellEnvironment method) translate_reactions() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellEnvironment method) ts_code_snippet() (in module nuskell.dsdcompiler.compiler)

U

unique() (nuskell.dsdcompiler.interpreter.NuskellFunctions method)

V

verify() (in module nuskell.crnverifier)

verify_modules() (in module nuskell.crnverifier) void (class in nuskell.dsdcompiler.interpreter)

W

write_pil() (in module nuskell.ioutils)

write_vdsd() (in module nuskell.ioutils)